Согласно Письму Минфина России от 25.03.2015 N 03-03-06/1/16234:

«В случае если основное средство полностью самортизировано и проведены его достройка, дооборудование, реконструкция, модернизация, техническое перевооружение, в целях налогового учета увеличивается первоначальная стоимость такого основного средства. При этом стоимость произведенных достройки, дооборудования, реконструкции, модернизации, технического перевооружения будет амортизироваться по тем нормам, которые были определены при введении этого основного средства в эксплуатацию.»

Ранее финансовое ведомство уже высказывало аналогичную позицию. Ее разделяют и суды.

Отметим, что приведенное разъяснение касается только тех объектов основных средств, амортизация по которым начисляется линейным методом. В случае применения нелинейного метода амортизация рассчитывается исходя из суммарного баланса амортизационной группы, который изменяется в том числе в результате модернизации (абз. 2 п. 3 ст. 259.2 НК РФ). Нормы начисления амортизации при применении нелинейного метода прямо зафиксированы в п. 5 ст. 259.2 НК РФ.