Письмо Минфина России от 22.06.2012 N 03-04-06/3–174

Организации, у которых есть обособленные подразделения, перечисляют удержанный с доходов работников НДФЛ как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения обособленных подразделений (абз. 2 п. 7 ст. 226 НК РФ). Их у налогоплательщика может быть несколько, причем расположенных в одном муниципальном образовании на территориях, подведомственных разным налоговым органам. В этом случае организация вправе выбрать одно из подразделений, по месту нахождения которого она будет поставлена на учет (абз. 3 п. 4 ст. 83 НК РФ). Это правило касается также обособленных подразделений, расположенных в Москве или Санкт-Петербурге.
В рассматриваемом Письме Минфин России разъяснил, что в такой ситуации НДФЛ, удержанный с доходов работников всех обособленных подразделений, можно перечислять в бюджет по месту нахождения выбранного подразделения. При этом на каждое обособленное подразделение, если ему присвоен отдельный КПП, должно быть оформлено платежное поручение на перечисление НДФЛ.
Данное разъяснение не противоречит позиции, изложенной финансовым ведомством в Письме от 03.07.2009 N 03-04-06-01/153. В нем пояснялось, что НДФЛ можно перечислить одним платежным поручением, если обособленные подразделения зарегистрированы в одном налоговом органе и имеют один и тот же КПП.